De structuur van de IC-reactor wordt gekenmerkt door een grote hoogte-diameterverhouding, in het algemeen tot 4 -, 8, en de hoogte van de reactor bereikt 20 links m rechts.De hele reactor bestaat uit een eerste anaërobe reactiekamer en een tweede anaërobe reactiekamer.Bovenaan elke anaërobe reactiekamer is een driefasenscheider voor gas, vaste stof en vloeistof geplaatst.De driefasenscheider van de eerste fase scheidt voornamelijk biogas en water, de driefasenscheider van de tweede fase scheidt voornamelijk slib en water, en het influent en refluxslib worden gemengd in de eerste anaërobe reactiekamer.De eerste reactiekamer heeft een groot vermogen om organisch materiaal te verwijderen.Het afvalwater dat de tweede anaërobe reactiekamer binnenkomt, kan verder worden behandeld om de resterende organische stof in het afvalwater te verwijderen en de kwaliteit van het effluent te verbeteren.